勿庸置疑，大学生村官对新农村建设的影响作用是积极的，选派大学生到农村工作的做法是受到农村各方面广泛欢迎和充分肯定的，但在实际工作中也还存在一些不可回避的问题，主要表现在：
1、思想上的“扎根”问题
大学生选择到农村担任“村官”的原因较多，有相当一部分是出于就业的考虑。调查显示，许多大学生认为担任“村官”是在就业压力下的无奈选择，对农村怀有感情、想成就一番事业的仅占四分之一左右。另一方面，许多大学生村官到农村基层工作，是由于上级党委政府在招聘前的一些优惠承诺，这些大学生表示在担任一段时间“村官”后，会通过考公务员、考研、提拔等途径，尽管脱离农村基层。可以看出，到农村担任“村官”，是相当一部分大学生在就业压力和优惠政策引力下作出的选择。针对这种情况，如何教育引导大家在思想上扎下根来，集中精力、发挥聪明才智，在新农村建设中真正有所作为，是今后工作中需要着力解决的一个问题。 
2、工作上的“深入”问题
调查发现，进村第一年的大学生多数面临工作难以“深入”问题，如感到专业不对口、人际关系难处理、村里人缺乏认同感、生活不习惯、工作无从下手等。造成这种情况的原因主要有二：一是农村人际关系复杂、利益纠葛较多，农村工作琐碎繁杂，新来者很难在短期内被农村社会所接纳。二是大学生“村官”自身存在一定的局限性。如大多数“村官”经历单纯，有的甚至根本没有农村生活的经历。因此，如何让大学生“村官”尽快了解农村，融入农村，与群众“打成一片”，是需要认真解决的重要问题。 
3、能力上的“提高”问题
建设新农村，人才是关键。但大学生作为农村建设的急需人才，其能力上的欠缺也阻碍着他们知识优势的发挥，主要体现在：一是缺乏运用专业知识解决问题的能力。二是缺乏足够的人际沟通能力。三是缺乏一定的组织管理能力，从目前大学生“村官”构成来看，大部分刚刚离开学校，社会工作经验不足或缺乏。四是自我激励能力有待提高，农村环境复杂，工作繁琐，面对困难和挫折，更需要有良好的心理素质和意志品质。如何弥补自身的不足，完善知识结构，将其尽快转化为实际工作能力，都需要通过培训和管理等工作加以解决。